重組腸激酶輕鏈體外具有全酶的酶切特異性，同時(shí)對基因工程融合蛋白底物的酶切活性較提純的牛腸激酶明顯增強(qiáng)。重組腸激酶可去除位于蛋白質(zhì)N-末端的融合蛋白，以除去不需要的融合標(biāo)簽。

由于腸激酶具有高度專一性，水解效率高的特點(diǎn)，它被廣泛地應(yīng)用于基因工程產(chǎn)品的開發(fā)；它能夠作為蛋白酶特異性地識別并切割含腸激酶切割位點(diǎn)的底物，其應(yīng)用之一是作為工具蛋白酶用于重組融合蛋白質(zhì)的特異性斷裂，尤其適用于生物工程制藥業(yè)及基因工程、生物化學(xué)、分子生物學(xué)等研究。